Prestasi Konohamaru di Akademi agak buruk, gagal menggunakan teknik asas dengan betul, kebanyakannya kerana kemalasan dan keinginan untuk mendapatkan keputusan yang cepat. Namun, setelah belajar dari contoh ketekunan Naruto, bakatnya mulai berkembang dari latihan biasa. Sebagai genin, Konohamaru mendapat pujian dari Temari kerana menekannya, dan juga berjaya mengalahkan Path Naraka Pain. Menjelang dewasa, dia menjadi jōnin yang dianggap genius dan elit klan Sarutobi, dengan kemampuannya menjadi kelas atas.

Ninjutsu

Sebagai pelajar, dia kebanyakan belajar dari gurunya dan teknik Naruto yang sedikit atau tidak ada penggunaan praktikal. Setelah lulus, Konohamaru memperoleh serangkaian teknik yang lebih sesuai untuk pertempuran, seperti Teknik Multiple Shadow Clone, dan Teknik Shuriken Shadow Clone. Semasa genin, Naruto mengajar Konohamaru Rasengan. Pada mulanya memerlukan klon bayangan untuk melakukan teknik ini, Konohamaru akhirnya belajar untuk melakukannya sendiri dengan satu tangan. Dalam anime, Konohamaru dapat membuat Rasengan Bola Besar, walaupun secara kebetulan, tanpa petunjuk sebelumnya.

Sebagai orang dewasa, dia dapat memanggil kodok raksasa, dan monyet shinobi untuk membantunya. Dia juga mahir pada fūinjutsu, mampu melawan anjing laut yang ditempatkan kepadanya oleh musuh, memecahkan halangan, dan juga mampu menundukkan iblis dengannya.

Transformasi Elemen Alam

Sebelum Perang Dunia Shinobi Keempat, Konohamaru telah terbiasa dengan transformasi alam, dapat menggunakan Pelepasan Api, Angin dan Yang. Dengan menunjukkan kepandaian yang ketara dalam elemen api, dia dapat menggunakan elemen api milik bapa saudaranya: Pembakaran Longgokan Abu. Dia kemudian akan mempelajari elemen api : Great Flame Technique, dan juga Elemen Api : Fire Dragon Flame Bullet. Sebagai orang dewasa, Konohamaru dapat menerapkan elemen Angin pada Rasengannya, suatu prestasi yang hanya dapat dicapai Naruto Uzumaki. Dalam anime, dia juga dapat menggunakan Lightning Release, dapat mengalirkan arus listrik di sekitar dirinya yang akan mengejutkan siapa saja yang bersentuhan dengannya.

Bukijutsu

Konohamaru terbukti mahir dalam pelbagai gaya senjata. Dia mula menggunakan bilah chakra, seperti mendiang pamannya, dan mampu melawan Jūgo dengannya cukup lama untuk menariknya keluar dari amukannya. Seperti datuknya, Konohamaru mahir dalam bōjutsu. Apabila dibantu oleh Enra yang berubah, Konohamaru dapat menangkis banyak serangan dengan putaran yang banyak. Dia juga boleh menggunakan kakitangan sebagai medium untuk tekniknya.

Fizikal

Dia telah terbukti sangat mahir dalam taijutsu sebagai orang dewasa, dengan mudah dapat mengalahkan beberapa pelajar akademi semasa Ujian Genin, termasuk Uchiha Sarada yang memegang Sharingan. Dia juga dapat mengatasi serangan dua ninja tentera upahan dengan sempurna, ketika dalam lompatan tengah menahan seseorang. Seperti yang dilihat dari Rasengannya, Konohamaru memiliki kontrol chakra yang sangat halus. Demikian juga, dia juga dinyatakan memiliki simpanan chakra yang sangat besar.